В сентябре 1913 года в Саратове были организованы Высшие сельскохозяйственные курсы. Первыми профессорами стали сотрудники Саратовского Госуниверситета: Зеленский В.Р., Кураев Н.Н., Полетаев В.Н., Славачевский К.Л., Багаевский Г.В.
В 1918 году курсы были реорганизованы в сельскохозяйственный институт, а затем в агрономический факультет классического университета. Первым деканом был избран профессор Медведев Б.Х.

Весной 1922 года, агрономический факультет выделен в самостоятельный сельскохозяйственный институт, первым ректором стал профессор Зеленский В.Р.

В 1934 году на базе сельскохозяйственного института открывается факультет защиты растений. Инициатором его создания был крупный ученый-энтомолог, профессор, доктор биологических наук, член секции защиты растений ВАСХНИЛ – Н.Л. Сахаров. Факультет защиты растений является первым факультетом этого профиля в нашей стране.

В разные годы на агрономическом факультете работали выдающиеся ученые, имена которых известны миру: Н.М. Тулайков, Н.И. Вавилов, А.П. Шехурдин, Г.К. Мейстер, Р.Э. Давид, Н.Л. Сахаров, Л.З. Захаров, А.А. Мегалов, А.А. Рихтер, В.Р. Заленский.
23 января 1981 года постановлением Совета Министров РСФСР Саратовскому сельскохозяйственному институту присвоено имя академика Н.И. Вавилова.

В 1994 году сельскохозяйственный институт приказом Госкомвуза РФ переименован в Саратовскую государственную сельскохозяйственную академию имени Н.И. Вавилова.

В 1998 г. приказом Министра сельского хозяйства и продовольствия РФ образован Саратовский государственный аграрный университет имени Н.И. Вавилова, в состав которого Академия вошла на правах сельскохозяйственного института. В 2005 г. произошла реорганизация университета на 15 факультетов. Деканом агрономического факультета стал А.Ф. Дружкин, защиты растений – С.И. Калмыков.

В 2009 году произошла реорганизация факультетов и кафедр университета. При объединении двух факультетов (защиты растений и агрономического) деканом агрономического факультета стал Дмитрий Александрович Уполовников.

В ноябре 2012 года на должность декана факультета назначена кандидат сельскохозяйственных наук, доцент кафедры "Растениеводства, селекции и генетики" Шьюрова Наталья Александровна.

В сенятбре 2019 года на должность и.о. декана агрономического факультета назначена кандидат сельскохозяйственных наук, доцент кафедры "Растениеводства, селекции и генетики" Ткаченко Оксана Викторовна.

С апреля 2021 года и по нынешнее время деканом агрономического факультета является кандидат географических наук, доцент кафедры "Землеустройство и кадастры" Нейфельд Василий Вольдемарович.