Совет был организован в 2001 году по инициативе и при поддержке проректора по науке. В разные годы советом руководили: Игорь Воротников, Анна Складанова, Ирина Гагина, Татьяна Ковалева.
Первым председателем совета был Игорь Леонидович Воротников, внесший значительный вклад в развитие молодежного движения не только в Вавиловском университете, но и в организацию Всероссийского совета молодых ученых и специалистов АПК.
В 2003 году Игорь Леонидович Воротников был избран председателем совета молодых ученых и специалистов АПК ПФО, а совет молодых ученых Вавиловского университета стал базовым советом в округе.
В 2006 году совет молодых ученых ФГБОУ ВО «Саратовский ГАУ» возглавляла Татьяна Николаевна Ковалева.
В 2012 году совет молодых ученых университета возглавляла ассистент кафедры «Экономика и организация предприятий АПК» Татьяна Николаевна Миронова.
С 2014 по 2022 год председателем совета молодых ученых университета являлся доцент кафедры «Землеустройство и кадастры» Василий Вольдемарович Нейфельд.
С 2023 года председателем совета молодых ученых является доцент кафедры «Электрооборудование, энергоснабжение и роботизация», к.т.н. Сергей Сергеевич Елисеев. В этом же году в структуру совета молодых ученых вошли заместители председателя совета по факультетам.
Председатель совета молодых ученых факультета инженерии и природообустройства Александр Исаев.
Председатель совета молодых ученых факультета экономики и менеджмента» Иван Спасов.
Председатель совета молодых ученых факультета ветеринарной медицины, пищевых и биотехнологий» Алексей Блинохватов.
Председатель совета молодых ученых агрономического факультета Вячеслав Тонкошкур.